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臺灣總督府立醫院是指台灣總督府直轄的醫院，由中央出資建設與管理。其包含一般醫院，以及針對特殊疾病，如結核病、痲瘋病，和精神病所設的療養院所。

醫院

台灣日治時期官設醫院始於1895年6月在臺北市大稻埕千秋街設置的「台灣病院」；隔年5月，台灣病院改稱「台北病院」，並在臺中廳、臺南廳亦設立病院。之後因地方首長陳情，於同年6月在淡水、基隆、新竹、宜蘭、鹿港、苗栗、斗六、埔里社、嘉義、鳳山、澎湖設立病院，並在恆春、台東設立診療所。1898年6月，台灣總督府公告醫院官制，將由地方縣廳管轄的病院改隸於台灣總督府之下，由於經費限制，將部分醫院裁撤，台中病院的埔里社和彰化分院即廢止，並在同年設立台中醫院斗六分院。1903年，斗六分院廢止。1910年增設花蓮港醫院。1911年阿緱醫院設立後，裁撤鳳山醫院。1914年設立打狗醫院。台北醫院於1938年4月移交給台北帝國大學醫部附屬醫院。1940年成立花蓮港醫院玉里分院^[1]^[2]。

府立醫院設立當時，皆借用既有的民宅、寺廟或官署使用。至1904年，醫院才全數新築及搬遷。^[2]

名稱	設立年份	原址現況
台北醫院	1895	建築完整保存，現為台大醫院舊館。
基隆醫院	1896	建物大致尚存，現為衛福部基隆醫院。
宜蘭醫院	1896	已拆除，現為陽明大學附設醫院新民院區。
新竹醫院	1896	已拆除，原址為新竹大遠百，1983年遷至台大醫院新竹分院現址。
台中醫院	1896	部分建物尚存，衛福部台中醫院。
嘉義醫院	1896	已拆除，原址為中央廣場。2002年遷至衛福部嘉義醫院現址。
台南醫院	1896	部分建物尚存，除現為衛福部台南醫院。
高雄醫院	1914	已拆除，原址位於高雄市鼓山區，1979年遷至高雄市立民生醫院現址。
鳳山醫院	1896	1910年裁撤，建材用以新建阿緱醫院。
屏東醫院	1911	已拆除，原址為屏東市中央市場，1955年醫院發生火災，後遷至衛福部屏東醫院現址。
花蓮港醫院	1910	已拆除，衛福部花蓮醫院。
花蓮港醫院玉里分院	1940	已拆除，原址為玉里鎮立圖書館，戰後作為省立花蓮醫院玉里分院，1965年遷至衛福部玉里醫院現址。
臺東醫院	1896	已拆除，現為衛福部台東醫院。
澎湖醫院	1896	已拆除，現為衛福部澎湖醫院。