内毒素是存在于病原体如细菌内的天然化合物，具有潜在的毒性。一般来说，内毒素不同于外毒素，活的细菌是不会分泌可溶性的内毒素的。内毒素是细菌的结构成分，当细菌被溶解时而被细菌释放出来。
内毒素的典型例子是各种革兰氏阴性菌外膜的脂多糖（LPS）或脂寡糖（LOS）。脂多糖一词可以与内毒素混用。不过，除了脂多糖外，其它的内毒素还有：
