Через три роки Спенсер Фуллертон Бейрд запросив його у Смітсонівський інститут, де Жирар працював над колекцією рептилій, амфібій і риб. Він пропрацював там 10 років і за цей час опублікував багато статей (багато в співавторстві з Бейрдом), присвячених опису фауни Америки.
У 1854 році Жирар отримав американське громадянство. У 1859—1861 роках жив у Франції. У роки Громадянської війни в США (1861—1865) Приєднався до армії Конфедерації і працював хірургом. Після закінчення війни повернувся до Франції і продовжив заняття медициною.