Вихованець клубів «Вайнштадт», «Штутгартер Кікерс», «Аален», «Карлсруе» і "Фрайбург . У 2018 році для отримання ігрової практики Ніко почав виступати за дублюючий склад останнього.
У сезоні 2020/21 Шлоттербек на правах оренди виступав за «Уніон» (Берлін)[3], зігравши у 16 матчах Бундесліги.
Кар'єра в збірній
Виступав за юнацькі збірні Німеччини різних вікових категорій. Згодом з молодіжною збірною Німеччини поїхав на молодіжний чемпіонат Європи 2021 року в Угорщині та Словенії, де зіграв у всіх шести іграх і здобув з командою золоті нагороди після перемоги у фіналі з рахунком 1:0 над Португалією[4] та був включений до символічної збірної змагання[5]..