У віці 14 - ти років Маноліс Сіопіс приєднався до молодіжної команди клубу «Олімпіакос». З 2013 року футболіста почали залучати до тренувань першої команди. Але пробитися до основи у Сіопіса не було шансів і сезон він провів в оренді в клубі «Платаніас».
У 2014 році футболіст перейшов до клубу «Паніоніос»[1] і в сезоні 2015/16 фанати клубу визнали Сіопіса найціннішим грацем клубу в сезоні.[2] По завершенню сезону 2016/17 контракт Сіопіса з клубом завершувався і в зимку 2017 року футболіст повернувся до «Олімпіакоса», якому належали 30 % прав на гравця. Але знову в основі півзахисник провів лише один матч, а решту сезону грав в оренді в клубі «Паніоніос».[3] У складі «Олімпіакоса» Сіопіс дебютував у єволкубках, зігравши два матчі у кваліфікації Ліги чемпіонів.
Провівши ще один сезон у Греції - у складі «Аріса»,[4] надалі Сіопіс відправився до Туреччини,[5] де у складі «Трабзонспора»[6] став чемпіоном країни та виграв Суперкубок Туреччини.