У 1998 році Котов перейшов до донецького «Шахтаря», за який дебютував у Вищій лізі 11 липня 1998 року, вийшовши на заміну в матчі проти «Миколаєва». Відігравши два сезони за «Шахтар», поступово перестав потрапляти в основний склад і в 2000 році повернувся у «Сталь», за яку відіграв перше коло чемпіонату. Друге коло почав у складі донецького «Металурга», за який дебютував 11 березня 2001 року в матчі проти «Сталі».
У 2003 році Євген перейшов у криворізький «Кривбас», за який дебютував 17 липня проти «Зірки» з Кропивницького. У 2004 році втратив місце в основному складі і в 2005 році перейшов у «Інтер» з Баку[2], в якому в 2006 році й завершив кар'єру гравця.