Фортецю в Копор'є було закладено 1237 року.
Вперше згадується в новгородських літописах 1240 року, коли німецькі лицарі Лівонського Ордену збудували в Копорському цвинтарі дерев'яну фортецю.
В 1241 Олександр Невський відбив фортецю у німецьких лицарів і зруйнував її.
Під час штурму загинув знаменитий богатир Гаврило Алексич.
1280 року великий князь Дмитро Олександрович поставив у Копор'ї кам'яне місто, яке через два роки зруйнували новгородці внаслідок конфлікту з князем.
Знову фортеця була побудована в 1297 році, а наприкінці XV - початку XVI століття була перебудована.
В 1565 році, коли цар Іван Грозний розділив Московське царство на опричнину та земщину[en], Копорська фортеця увійшла до складу останньої
[1][2].
Після захоплення шведами 1581 року Копор'є повернулося до Московії ії лише за договором 1590 року.
Однак у Столбовському миру 1617 року Копор'є знову дісталося Швеції.
В 1656-1657 роках російське військо марно намагалося повернути Копор'є, яке було повернуто Росії тільки за Петра I, в 1703 році.
В 1708 Петро I передав фортецю князю Меншикову, а в 1727 після його опали Копор'є перейшло до скарбниці.
В 1763 році Копорська фортеця була виключена зі списку оборонних споруд.
У 1919 році під час Громадянської війни бійці Червоної армії, використовуючи фортецю, успішно відбили атаку білогвардійського десанту, що висадився в тилу червоноармійців
[3]..
23 жовтня 1919 року бійці 6-го Талабського піхотного полку 2-ї піхотної дивізії Північно-Західної армії контратакували зайняте 6-ю дивізією 7-ї Червоної армії село і фортецю Копор'є
[4].
У серпні 1941 року радянські війська вели у Копор'я запеклі бої з німецько-фашистськими загарбниками, але 1 вересня були змушені відступити. Закріпившись за 12 км від стародавньої фортеці, на річці Воронці[ru], частини Червоної Армії зупинили просування вермахту
[3].
У січні 1944 року Копор'є було звільнено.
1962 року фортечна церква згоріла від випадкового займання
[5]..
У 2001 році фортеця набула статусу музею.
7 квітня 2013 року фортеця офіційно була закрита для відвідування через аварійний стан