Енциклопедія заснована 1985 року під назвою «Естонська радянська енциклопедія» (ест.Eesti nõukogude entsüklopeedia). 1990 року назва видання була змінена на «Естонська енциклопедія» (ест.Eesti entsüklopeedia).
2010 року розпочалося оцифрування енциклопедії[3].