Хор виводить історію від указу імператора Священної Римської імперіїМаксиміліана I, який 30 червня1498 року у зв'язку з переїздом імператорського двору з Інсбрука у Відень, розпорядився найняти, поряд з іншими музикантами, шістьох юних півчих для придворних богослужінь і концертів. Першим керівником придворної капели став священик Георг Златконя.
Впродовж понад 400 років невеликий хор хлопчиків існував у складі Придворної капели. Деякі з півчих стали в подальшому помітними музикантами: перш за все, композитори Якобус Галлус, Франц Шуберт і Карл Целлер, диригенти Ганс Ріхтер і Фелікс Мотль. У XVIII—XIX століттях чисельність хористів коливалася переважно від 14 до 20, вони виступали виключно при імператорському дворі.
Після розпаду Австро-Угорщини і проголошення Австрійської республіки новий уряд прийняв під державний патронат Віденську придворну оперу з її дорослим хором і оркестром, але не капелу хлопчиків. Однак керівник дорослого хору Йозеф Шнітт не змирився з цим і в 1921 році відтворив хор як окремий приватний заклад. З 1926 року хор почав гастролювати і впродовж десятиліття об'їхав весь світ, включаючи Австралію і Латинську Америку. Репертуар хору значно розширився, аж до дитячих опер.
Після аншлюсу в 1939 році Шнітт, який не приховував своєї нелюбові до нацистів, був звільнений, його змінив на посаді керівника хору відомий хоровий диригент Фердинанд Гроссман, у спробах зберегти прихильність нової влади хористи виступали зі свастикою на уніформі. До кінця Другої світової війни хор розпущений і був відновлений після її закінчення. У 1948 році до розпорядження хору наданий віденський палац Аугартен, де розташувалися як навчальні приміщення, так і дортуари. У 1952 році з ініціативи Шнітта був заснований Віденський хор, що складається з дорослих співаків, які у минулому співали в хорі хлопчиків, і призначений, головним чином, для спільних виступів.
В даний час чисельність Віденського хору хлопчиків становить близько 100 чоловік. Хор розділений на 4 групи, які у звичайних випадках концертують і гастролюють окремо і в сукупності дають близько 300 концертів на рік.
Вибрана дискографія
Різдвяна музика
Wiener Sängerknaben Goes Christmas (2003)
Frohe Weihnacht (Merry Christmas) (1999)
Christmas in Vienna / Heiligste Nacht (1990)
Merry Christmas from the Vienna Choir Boys (1982)
Christmas with the Vienna Choir Boys (with Hermann Prey)
Christmas with the Vienna Boys' Choir, London Symphony Orchestra (1990)
Weihnacht mit den Wiener Sängerknaben (Gillesberger 1980)
The Little Drummer Boy (TV 1968)
Die Wiener Sängerknaben und ihre Schönsten … (1967)