Підводний човен проходив службу на Середземному морі, базувався на Мальті, коли в Європі розпочалась війна. Протягом вересня «Салмон» проводив низку навчань та тренувань в акваторії Середземного моря разом з іншими човнами Середземноморського флоту.
11 жовтня1939 року корабель разом з субмаринами «Сілайон», «Снеппер» і «Шарк» вийшов до берегів Англії та прибув 22 числа до Портсмута. Невдовзі після прибуття підводний човен увійшов до складу сил, що здійснювали протичовнове патрулювання у Північному морі.
13 грудня 1939 року «Салмон» помітив флот німецьких військових кораблів. Він випустив торпеди, які пошкодили два німецьких крейсери (один — німецький крейсер «Лейпциг», інший — однотипний крейсер «Нюрнберг»). «Салмон» ухилився від есмінців флоту[Прим. 1][1], які полювали на неї протягом двох годин.
4 липня 1940 року «Салмон» вийшов з Росайту у дев'ятий бойовий похід. Він діяв поблизу південно-західного узбережжя Норвегії. 9 липня отримав наказ на подальші пошукові дії й повернутися 12 липня на базу. Але, після отримання радіограми ніколи більше не виходив на зв'язок і вважається, що британський човен загинув на німецькому мінному полі з усім своїм екіпажем.
Colledge, J. J.; Warlow, Ben (2006) [1969]. Ships of the Royal Navy: The Complete Record of all Fighting Ships of the Royal Navy (Rev. ed.). London: Chatham Publishing. ISBN 978-1-86176-281-8. OCLC 67375475.