Четверо японських спортсменів кваліфікувалися на змагання з плавального марафону на відкритій воді. Серед них були учасники Олімпійських ігор 2012 Ясунарі Хіраї та Юмі Кіда.
Японські плавці виконали кваліфікаційні нормативи в дисциплінах, які наведено в таблиці (не більш як 2 плавці на одну дисципліну за часом нормативу A, і не більш як 1 плавець на одну дисципліну за часом нормативу B):[1] Плавці повинні були кваліфікуватися на Чемпіонаті Японії 2015, щоб підтвердити свої місця в японській збірній на чемпіонаті світу.
Учасниками японської збірної стали 24 плавці, серед яких переможець попереднього чемпіонату світу на 400-метрівці комплексом Дайя Сето, а також олімпійські медалісти Рьосуке Іріе, Рьо Татеісі і Нацумі Хосі.[2] Нова японська суперзірка Косуке Хаґіно збирався взяти участь, але пізніше відмовився через перелом ліктя.[3]
Повна команда з дванадцяти японських спортсменів (один чоловік і дванадцять жінок) кваліфікувалася на змагання з синхронного плавання в наведених нижче дисциплінах.