Наукові здобутки спрямовані на розробку методики викладання біології в школі. Елеонора Василівна Шухова є автором 150 наукових праць. Однією з найвідоміших праць Елеонори Василівни в царині викладання біології в школі є «Хрестоматія із зоології», написана нею у співавторстві з Охріменко Антоном Михайловичем 1978 року[2].
(рос.) Вопросы животноводства в курсе зоологии. — К.: Радянська школа, 1958.
(рос.) Практические занятия по зоологии на учебно-опытном участке и в колхозе. — К.: Радянська школа, 1959.
(рос.) Связь преподавания зоологии с сельским хозяйством. — К.: Радянська школа, 1962.
(рос.) Качество и пути улучшения знаний и умений по биологии учащихся восьмилетней школы. — К.: Радянська школа, 1966.
(рос.) Преподавание биологии в школах рабочей и сельской молодежи. — К.: Радянська школа, 1969.
(рос.) Хрестоматия: Общая биология. — К.: Радянська школа, 1978.
Лабораторні заняття з зоології: Посібник для вчителів. — К.: Радянська школа, 1978. — 112 с.
(рос.) Методика обучения зоологии. — 2-е изд. / Э. В. Шухова и др. — М.: Просвещение, 1979.
Форми і методи перевірки знань учнів з біології / Е. В. Шухова та ін. — К.: Радянська школа, 1980. — 145 с.
Задачі і вправи з біології / Е. В. Шухова та ін. — К.: Радянська школа, 1981. — 103 с.
Планування навчально-виховного процесу на уроках біології. — К.: Радянська школа, 1988.
Планування навчально-виховного процесу на уроках біології: Посібник для вчителя / E. B. Шухова та ін. — К. : Радянська школа, 1991. — 336 с.
Лабораторний практикум для шкіл з поглибленим вивченням біології / Е. В. Шухова та ін. — К. : Освіта, 1992. — 237 с.
Дидактичний матеріал з курсу біології. — K.: Мапа, 1998.
