Частоозерський район у складі Ішимського округуУральської області був утворений 3 листопада1923 року. До його складу увійшли 12 сільрад: Біляковська, Бутиринська, Волчинська, Долговська, Леб'яжинська, Ліхановська, Новотроїцька, Сивковська, Частоозерська, Чебачинська, Чердинцевська та Шестаковська.
1934 року район увійшов до складу новоутвореної Челябінської області, 1943 року — до складу Курганської області. 1963 року район був ліквідований, територія увійшла до складу Петуховського району. Відновлено Частоозерський район 1972 року.
2004 року район перетворено в Частоозерський муніципальний район, усі сільські ради перетворено в сільські поселення зі збереженням старих назв. 20 вересня2018 року були ліквідовані Ліхановська сільська рада (територія приєднана до складу Частоозерської сільської ради)[4] та Чердинцевська сільська рада (територія приєднана до складу Бутирінської сільської ради)[5].
29 грудня2021 року район був перетворений в Частоозерський муніципальний округ, при цьому були ліквідовані усі сільські поселення: