Уродженець Мадриду Моралес є вихованцем клубу «Брунете» хоча в юнацькому віці перебував на оглядинах столичного «Реалу».[3] На дорослому рівні нападник дебютував у складі «Парли», за яку відіграв чотири сезони.[4]
У 2010 Хосе уклав однорічну угоду з командою «Фуенлабрада», забивши за сезон 20 м'ячів.[5]
1 липня 2011 року Моралес приєднався до резервної команди «Леванте»[6] відзначившись 14-ма голами у 41-у матчі.[7][8] 17 квітня 2013 року він погодився на новий дворічний контракт і був переведений до основного складу команди «Леванте».[9]
30 липня 2013 року Моралес на правах оренди перейшов до клубу «Ейбар».[10] 18 серпня відіграв першу гру у переможному виїзному матчі 2–1 над «Реал Хаен».[11]
27 жовтня 2013 року нападник став автором голу в переможній грі 2–0 над клубом Барселона Б.[12] У тому сезоні Хосе додав ще два голи, а його клуб уперше в історії вийшов до Ла-Ліги.[13]
Повернувшись до «Леванте», Моралес дебютував у топ-лізі 30 серпня 2014 року в матчі проти «Атлетік» (Більбао) в якому поступились 0–3.[14][15] Свій перший гол забив 4 жовтня у ворота свого колишньої команди «Ейбар», матч завершився внічию 3–3.[16]
29 травня 2015 року Моралес продовжив контракт з клубом до 2019 року.[17] У сезоні 2018–19 він забив 12 голів, додавши п’ять результативних передач.[18]
26 листопада 2023 року в матчі проти «Осасуни» (3:1) відзначився своїм першим хет-триком в Ла-Лізі[24] і другим за клуб.[23] 4 лютого 2024 року матч проти «Кадіса» став для нього ювілейним, 300-м, в Ла-Лізі.[25][26]
5 липня 2024 року Хосе підписав однорічну угоду з клубом «Леванте».[27]
↑Rodríguez, M.Á. (31 березня 2019). Morales y el Eibar, amores que matan [Morales and Eibar, love that can kill you]. Marca(ісп.). Процитовано 21 грудня 2021.
↑Aldunate, Ramiro (4 жовтня 2014). En Ipurua, hasta el rabo todo es toro [At Ipurua, it is not over until it is over]. Marca(ісп.). Процитовано 1 червня 2015.
