Духовно-академічна та університетська філософія, теоретичні та методологічні проблеми історико-філософського пізнання, історія Київської духовної академії
1986–1989 — навчалась в аспірантурі Київського державного університету ім. Т. Г. Шевченка за спеціальністю «Історія філософії» (науковий керівник — доктор філософських наук, професор Юрій В'ячеславович Кушаков).
1998–2001 — перебувала в докторантурі Національного університету «Києво-Могилянська академія» за спеціальністю «Історія філософії» (науковий консультант — доктор філософських наук, професор Вілен Сергійович Горський).
2001 — захистила у спеціалізованій раді Інституту філософії ім. Г. С. Сковороди НАН України дисертацію на здобуття наукового ступеня доктора філософських наук «Київська академічна філософія ХІХ — початку ХХ ст. і становлення історико-філософської науки в Україні».
2003 — отримала вчене звання професора кафедри філософії та релігієзнавства.
Науково-педагогічна діяльність
1986 — асистент кафедри філософії гуманітарних факультетів Київського державного університету ім. Т. Г. Шевченка.
1989–1994 — асистент кафедри історії філософії та логіки Київського державного університету ім. Т. Г. Шевченка.
1994–1996 — старший викладач кафедри філософії та релігієзнавства Національного університету «Києво-Могилянська академія».
1996–2002 — доцент кафедри філософії та релігієзнавства Національного університету «Києво-Могилянська академія».
2002 — дотепер — професор кафедри філософії та релігієзнавства Національного університету «Києво-Могилянська академія».
2007–2015 — завідувач кафедри філософії та релігієзнавства Національного університету «Києво-Могилянська академія».
2012 — дотепер — декан факультету гуманітарних наук Національного університету «Києво-Могилянська академія».
М. Л. Ткачук належить до кола провідних українських істориків філософії.
Наприкінці 1980-х започаткувала систематичні дослідження з історії вітчизняної академічної філософії ХІХ — початку ХХ ст., вперше залучивши до фахового історико-філософського аналізу значний масив архівних і рукописних джерел з історії філософської науки й освіти в Університеті Св. Володимира та Київській духовній академії.
Є автором численних праць з історії духовно-академічної та університетської філософії в Києві, теорії та методології історико-філософського пізнання.
Ініціатор і керівник численних дослідницьких проектів, присвячених історії філософської науки та освіти на українських теренах.
Протягом останніх років активно вивчає історію і спадщину Київської духовної академії. Упорядник, науковий редактор і провідний автор двотомної енциклопедії «Київська духовна академія в іменах: 1819—1924», що увиразнює перший досвід сучасної наукової реконструкції діяльності та звершень єдиного на українських теренах ХІХ — початку ХХ ст. вищого православного богословського навчального закладу, здійсненого крізь призму вивчення життя і творчості її видатних викладачів та вихованців[2].
Памфіл Юркевич. З рукописної спадщини / Упоряд., пер. укр. і коментарі М. Л. Ткачук. — К. : Вид. дім «КМ Academia»; ТОВ Унів. вид-во «Пульсари», 1999. — 332 с.
Київ в історії філософії України / В. С. Горський, Я. М. Стратій, М. Л. Ткачук, А. Г. Тихолаз. — К. : Вид. дім «КМ Academia»; ТОВ Унів. вид-во «Пульсари», 2000. — 264 с.
Людина в часі: (філософські аспекти української літератури ХХ–ХХІ ст.) / упоряд. : В. Моренець, М. Ткачук. — К. : Унів. вид-во «Пульсари», 2010. — 275 с.
Київська духовна академія в іменах: 1819—1924 : енциклопедія: в 2 т. / упоряд. і наук. ред. М. Л. Ткачук ; відп. ред. В. С. Брюховецький. — Т. 1 : А–К. — К. : Вид. дім «Києво-Могилянська академія», 2015. — 740 с.
Київська духовна академія в іменах: 1819—1924 : енциклопедія: в 2 т. / упоряд. і наук. ред. М. Л. Ткачук ; відп. ред. В. С. Брюховецький. — Т. 2 : Л–Я. — К. : Вид. дім «Києво-Могилянська академія», 2016. — 1004 с.