Тейла Еммаган — колишній лідер атозіанців, що від початку серіалу приєдналася до команди Джона Шеппарда. За відсутності голови експедиції також виконувала адміністративні обов'язки.
Доктор Карсон Бекет — головний лікар експедиції «Атлантіс» впродовж перших трьох сезонів, розробник генної терапії для використання технологій Древніх, розробник ретровірусу для пригнічення ДНК Іратуса в геномі рейфів, загинув під час виконання службових обов'язків. Наприкінці четвертого сезону його клон повернувся в Атлантиду та в п'ятому сезоні отримав посаду лікаря експедиції.
Ейдан Форд — лейтенант Корпусу морської піхоти США, був заступником Джона Шеппарда та входив до складу його команди впродовж першого сезону. Вижив у екстремальних обставинах під час атаки Атлантиди рейфами, але лишився залежним від ензиму, відмовився від лікування та втік з міста. З представників місцевого населення сформував власний загін, що деякий час збирав інформацію та здійснював напади на рейфів. З середини другого сезону вважається мертвим.
Експедиція «Атлантіс» являє собою міжнародний контингент, що складається з представників понад 20 країн. Залежно від своєї спеціалізації, персонал експедиції поділяється на п'ять категорій, кожна з яких вирізняється власним кольором деталей міської уніформи — червоним (адміністрація), чорним (військові), блакитним (науковці), жовтим (медичний персонал) та зеленим (техніки).
Від початку командувач військового контингенту експедиції «Атлантіс». В першій серії під час атаки рейфів разом з рештками своєї команди та атозійцями потрапив у полон та був застрелений Шеппардом, аби зупинити тортури через харчування рейфа-хранительки.
Ботанік, з якою понад рік зустрічався Родні Маккей, та яка назвала знайдену нею схожу на кактус рослину з M35-117 на його честь — Rodneyana villosa[2]. Після розриву з Маккеєм залишила Атлантиду.
Доктор Деніел Джексон (англ.Daniel Jackson, грає Майкл Шенкс) — лінгвіст та археолог, чия праця з перекладу давніх символів зробила можливими сучасні подорожі крізь Зоряні брами, та завдяки власним зусиллям якого було встановлено контакти з багатьма іншопланетними цивілізаціями. Член SG-1.
Доктор Білл Лі (англ.Lindsey Novak, грає Білл Доу) — науковець з бази Зоряної брами.
Перший контакт та найдавніші союзники експедиції «Атлантіс» в галактиці Пегас. Але, разом з тим, поява команди Атлантиди на Атозі спричинила розвиток подій, що призвели до передчасного пробудження рейфів.[3]
Конфедерація, рівень розвитку власних технологій якої приблизно відповідає Землі 1940-х років. Одна з небагатьох людських спільнот галактики Пегас, яка планувала застосування військових дій проти рейфів.
На час подій серіалу, домінуюча раса галактики Пегас. Через те, що рейфи не вважали за потрібне надавати будь-яку особисту інформацію про себе[4], вони переважно згадуються за штучними «іменами» — прізвиськами, які вигадав Джон Шеппард.
Вчений та військовий лідер, тривалий час перебував у полоні Дженаїв, звідки втік завдяки співпраці з Джоном Шеппардом, після чого неодноразово (як з власної волі, так і вимушено) співпрацював з Атлантидою. Був свідком першої активації приладу АттероДревніми, отже на час подій серіалу вік Тодда становить принаймні 10000 років.
Вчений, якого викрала команда Атлантиди задля випробування ретровірусу Бекета і який врешті-решт залишився гібридом, що взяв за мету знищення як рейфів, так і людства. Вбитий Тейлою під час його спроби захопити «Атлантіс» та викрасти її сина.
Полонений, що був захоплений командою Шеппарда за допомогою кулона Тейли, та на якому було вперше випробувано хоффанський вірус. Майже одразу помер від дії побічних ефектів вірусу.
Скаут, який за мить до самознищення свого корабля телепортувався в Атлантиду з метою розвідки та саботування захисних систем міста. Після викриття та ув'язнення був страчений Шеппардом через відмову співпрацювати.
Військовий командувач, заступник Тодда, брав участь у перемовинах щодо застосування генної терапії доктора Келлер, за відсутності свого командира співпрацював з командою Шеппарда.
Королева рейфів, на відміну від інших королев очолювала не тільки власний вулик, а й численний альянс. Згідно з планом Тодда, який її вбив та згодом посів місце чільника альянсу, така зміна влади мала сприяти застосуванню генної терапії доктора Келлер.
Дівчина-рейф, що була вихована як звичайна дитина чоловіком, який випадково знайшов її серед уламків корабля рейфів. Після невдалої спроби застосування нею ретровірусу атакувала Шеппарда, через що той був змушений застрелити її.
Лідер фракції Асуран, що ставили собі за мету вознесіння. Співпрацюв з командою Атлантиди. Був знищений Маккеєм під час спроби оновити програмний код реплікаторів.
Впродовж кількох років Ронон Декс вважав себе єдиним, хто залишився живим після атаки Сатеди рейфами[5]. Але потім з'ясувалося[6], що близько 300 його колишніх співгромадян знайшли собі прихисток на інших планетах галактики Пегас.
Колишній військовий, колишній друг Ронона Декса, тривалий час був вірянином рейфів. Разом з Арою та Ракаєм зрадив[6] команду Шеппарда під час нібито спільної місії, через що група полковника потрапила у полон. Кілька місяців потому захопив Декса та марно намагався обміняти його у рейфів на «дарунок життя». Після тяжкого процесу детоксикації від ензиму зголосився допомогти визволити Ронона та підірвав наземну базу рейфів, пожертвувавши своїм життям, аби рятувальна команда безпечно дісталася Зоряної брами.
Колишня військова, колишня подруга Декса, яка разом з Таїром і Ракаєм під впливом тортур та ензиму перейшла на бік рейфів. Загинула від руки Ракая, коли намагалася завадити йому використати ніж у поєдинку з Рононом.
Колишній військовий та колишній друг Ронона Декса. Після падіння Сатеди потрапив у полон до рейфів, де, не витримавши тортур, став вірянином рейфів. Актор Алекс Пауновіч також виконав роль Шак'рела — джаффа, давнього друга Тіл'ка та Бра'така у серіалі Зоряна брама: SG-1.
Одна з лідерів Мандрівників. Неодноразово викрадала та утримувала у заручниках Джона Шеппарда, але також забезпечила участь Мандрівників як союзників у фінальній битві проти реплікаторів.
Розробники хоффанського вірусу, який мав стати засобом захисту від рейфів, але виявився смертельним як для рейфів, так і для більшості населення Хоффа[4]. Збудник чуми, що спричинила загибель сотень тисяч людей у численних світах галактики Пегас, був штучно створений Майклом на основі хоффанського вірусу.
Канцлер планети Хофф, що підтримував ідею найскорішого застосування хоффанського вірусу, незважаючи на смертельні побічні ефекти. Вбитий рейфами разом з рештою населення Хоффа.
Хоффанський вчений, науковий керівник проекту створення хоффанського вірусу. Разом з Карсоном Бекетом створила та випробувала на Стиві першу сироватку. Загинула від побічних ефектів вірусу.
Ексцентричний колишній пекар з неназваної планети в галактиці Пегас. За допомогою напою з рослини, що він випадково знайшов на M6H-491, отримав майже безмежну владу не тільки над односельцями, але й над усім, за винятком Джона Шеппарда, персоналом експедиції «Атлантіс»[8]. Кілька місяців по тому, придбав персональний щит Древніх та зажив собі славу невразливого героя[9]. Коли його рідне місто захоплює загін Колі, допоміг здійснити рятувальний план Шеппарда та остаточно нейтралізувати Колю.