У 1930 році більшовиками був закритий. Однак, в період румунської окупації деякі з одеських церков відкрили свої двері, серед них був і храм Григорія Богослова і святої мучениці Зої. У травні 1961 відбулося друге закриття храму, після чого його приміщення було віддано під склад хлібокомбінату.
14 березня1991 році храм знову повернутий УПЦ, після чого церква перейшла до УПЦ МП. 6 лютого1994 митрополитом Одеським Агафангелом знову освячений після ремонту. У 2002 році храм було розписано одеським іконописцем С. Бурдою.
Вигляд
Храм має форму древньої базиліки з витонченою дзвіницею і прекрасним фасадом. Храм вдало виконував роль домашній церкві для зазначених навчальних закладів. Крім головного фасаду, храм мав два бічних, вхідні двері яких були звернені: одна у двір Гімназії — для входу учениць; інша, у двір училища — для входу учнів. Вже в той період в церкві було центральне опалення.