З початком Другої світової війни Наполеон VI написав французькому прем'єр-міністру Едуару Даладьє про бажання служити у французькій армії. Його пропозиція була відхилена, і тому він взяв псевдонім Луї Бланшар і приєднався до Французького іноземного легіону, перебуваючи в Північній Африці до демобілізації в 1941 році, після другого перемир'я в Комп'єні. Потім він приєднався до французького Опору і був заарештований. Після арешту він провів деякий час у різних в'язницях. Після свого звільнення він вступив у французьку групу опору. 28 серпня1944 року принц Луї дивом уникнув смерті, він був важко поранений, коли в аварію потрапила вантажівка, в якій знаходилося 7 осіб. Наполеон вижив, інші загинули. Після одужання він приєднався до альпійської дивізії і був пізніше нагороджений за хоробрість.
Після Другої світової війни
Після війни Наполеон жив у Швейцарії і, нелегально, у Франції до 1950 року. У 1950 році закон про вигнання всіх членів королівських і імператорської сімей був скасований, і Луї зі своєю сім'єю переїхав законно в Париж. Титульний імператор Наполеон VI став успішним бізнесменом і мав фінансові інтереси в Африці. У 1951 році він послав меморіальний вінок зі знаком 'N' (Наполеон) на похорон Вільгельма, кронпринца німецького і прусського, сина поваленого Вільгельма II, німецького імператора. Це було розцінено роялістами як іронічний жест, враховуючи той факт, що німецький дім Гогенцоллернів переміг під час франко-прусської війни 1870 року, що призвело до повалення династії Луї Наполеона.
Смерть
Помер 3 травня1997 року в той же день року, що і його батько (3 травня1926 року), у своєму будинку в Швейцарії у віці вісімдесяти трьох років. 14 травня1997 був похований у церкві Сен-Луї інвалідів у присутності численних цивільних і військових осіб і представників королівських сімей. Принц Наполеон похований в Імператорській каплиці в Аяччо.
У своєму заповіті він передав трон своєму онукові Жану-Крістофу.
Сім'я і діти
Луїс одружився 16 серпня 1949 року на Алікс де Фореста (рід. 4 квітня 1926). У них було четверо дітей:
Принц Шарль Марі Жером Віктор (р. 19 жовтня1950); претендент на верховенство в будинку Бонапарт і титул «Le Prince Napoléon».
Принцеса Катрін Елізабет Альберік Марі (р. 19 жовтня1950 року); одружена першим шлюбом, 4 червня1974 року, За Ніколо Сан-Мартіно д'але маркіз (dei marchesi) ді
Фонтането кон Сан-Джермано (р.3 липня1948 року), розлучені в 1982 без дітей. Вона вийшла заміж вдруге 22 жовтня1982 року, в Парижі, за Жана-Клода Дюале (р. 3 листопада1936 року) і мала двох дітей:
Принцеса Лора Клементина Женев'єва (р. 8 жовтня1952 року); одружена з 23 грудня1982 року За Жаном-Клодом Леконтом (р. 15 березня1948) і мала сина і двох дочок: