Перший храм монастиря був закладений у 788 році (7 році Енряку) буддистським монахом Сайтьо (767–822), який поширював у країні вчення китайської школи тяньтай після стажування у імперії Тан. У 807 році Сайтьо, з дозволу Імператора Камму, зібрав сотню учнів і оселився з ними на горі Хієй. Храм Енряку перетворився у монастирський комплекс. У ньому панувала жорстока дисципліна. Молоді монахи повинні були вчити Закон Будди і медитувати по 12 годин на добу.
В часи розквіту, які припадають на 10-12 століття, монастир мав величезний храмовий комплекс із 3-тисяч культових споруд, а також утримував могутню армію монахів-воїнів. Вони часто використовувались для боротьби з опозиційними монастирями і вороже налаштованими політиками.
З 14 століття розпочався культурний занепад монастиря Енряку. Монахи почали займатися лихварством і работоргівлею.
У першій половині 15 столітті монастир виступив проти релігійних інновацій 6-го сьоґуна сьоґунату МуроматіАсікаґи Йосінорі. Боротьбу проти центральної влади Енряку програв і зазнав руйнування у 1435 році. Головний храм, храм Компон-тюдо, був спалений, а керівництво монастиря — вирізано. Проте за 20 років, у зв'язку із поступовим занепадом самурайського уряду, монахи зуміли відновити втрачені позиції. На початок 16 століття монастир Енряку знову відігравав роль релігійного і наукового центру країни.
На середину 16 століття монастир зіткнувся із своїм найлютішим ворогом Одою Нобунаґою. Захопивши столицю у 1568 році, він конфіскував ряд монастирських земель, чим викликав невдоволення серед монахів. У 1570 році ченці монастиря виступили на боці ворогів Оди Нобунаги, допомагаючи військам родів Адзаї та Асакура. Спроби Нобунаґи змусити монахів передумати і перейти на його бік провалилися, тому наступного, 1571 року, він спалив монастир дощенту разом із усіма його мешканцями.
Сучасний вигляд монастиря — реконструкція кінця 16 — початку 17 століття. Він умовно поділений три райони — Тодо (яп. 東塔 — «Східні вежі», колишнє місце засідання голів монастиря), Сайто (яп. 西塔 — «Західні вежі») і Йокава
(横川). Більшість головних будівель монастиря зосереджені у східній частині — Тодо.
(укр.) Коваленко О. О. Ода Нобунаґа в японській антихристиянській літературі на прикладі «Записів про розквіт і падіння Храму південних варварів» // Східний світ. — Київ: Інститут Сходознавства НАН України, 2009. — № 2 — с.10-19.
Рубель В. А. Японська цивілізація: традиційне суспільство і державність. — К. : «Аквілон-Прес», 1997. — 256 с. — ISBN 966-7209-05-9.