У дорослому футболі дебютував 2003 року виступами за команду «Адміра-Ваккер», в якій провів три сезони, взявши участь у 13 матчах чемпіонату.
Своєю грою за цю команду привернув увагу представників тренерського штабу «Ред Булла», до складу якого приєднався влітку 2005 року. Відіграв за команду із Зальцбурга наступні п'ять сезонів своєї ігрової кар'єри. Більшість часу, проведеного у складі «Ред Булла», був основним гравцем атакувальної ланки команди. У складі «Ред Булла» був одним з головних бомбардирів команди, маючи середню результативність на рівні 0,69 голу за гру першості. За цей час тричі виборював титул чемпіона Австрії.
21 червня2010 року уклав чотирирічний контракт з «Твенте», який заплатив за австрійського футболіста близько 7 млн євро. У складі «червоних» Марк провів наступні два роки своєї кар'єри гравця. Граючи у складі «Твенте» також здебільшого виходив на поле в основному складі команди. В новому клубі був серед найкращих голеодорів, відзначаючись забитим голом в середньому щонайменше у кожній другій грі чемпіонату. За цей час став володарем Кубка та Суперкубка Нідерландів.
До складу клубу «Порту» приєднався 31 січня2012 року за 3 млн євро, підписавши трирічний контракт. Відіграв за клуб з Порту лише 10 матчів в національному чемпіонаті, після чого влітку того ж 2012 року за 2,4 млн євро перейшов до турецького «Трабзонспора».
31 липня2014 року уклав однорічний контракт з австралійським «Сіднеєм», після завершення якого на правах вільного агента перейшов до швейцарського «Базеля».
У 2017 провів п'ять матчів у складі празької «Спарта».
У 2008 році Марк потрапив в попередній склад футболістів збірної на Євро-2008, але незадовго до турніру був виключений зі списку тренером Йозефом Гікерсбергером. Після чемпіонату Європи Янко знову повернувся в збірну, вже під керівництвом Карла Брюкнера.
Наразі провів у формі головної команди країни 67 матчів, забивши 27 голів.