У 1940 році вступає на службу до МІ-6 і вже через рік займає там посаду заступника начальника контррозвідки. У 1944 р. стає керівником 9-го відділу, що займався радянською і комуністичною діяльністю у Великій Британії. З 1947 по 1949 рік очолює резидентуру в Стамбулі, з 1949 по 1951 р. — місію зв'язку у Вашингтоні, де встановлює контакти з керівниками ЦРУ і ФБР та координує спільні дії США і Великої Британії по боротьбі з комуністичною загрозою.
У 1951 р. викриті перші два учасники так званої «Кембридзької п'ятірки»: Дональд Маклін і Гай Берджесс. Їхній старий друг Філбі попереджає їх про небезпеку, але і сам потрапляє під підозру: у листопаді1952 року його допитує британська контррозвідка МІ-5, але відпускає через брак доказів. Філбі перебуває в невизначеному стані до 1955 року, коли йде у відставку.
Проте вже в 1956 році його знову приймають на секретну службу Її Величності. Під прикриттям кореспондента газети The Observer та журналу The Economist він вирушає до Бейрута.
23 січня1963 року Філбі нелегально переправляють до СРСР, де він проводить решту життя. Помер 11 травня 1988 року в Москві.