Кубок України з футболу серед аматорів 1998/1999 — третій розіграш Кубка України серед аматорів, другий під егідою ААФУ. Проводився з 25 жовтня1998 по 17 червня1999 року. На всіх етапах команда-переможець визначалася за підсумками двох матчів.
Учасники
У розіграші Кубка взяли участь 25 аматорських команд з 20 областей України.