З листопада 2021 року Веґнер є членом Палати представників Берліна, де з 2021 по 2023 рік він був головою парламентської групи ХДС Берлін, і як такий лідер опозиції. З 2005 року був депутатом німецького Бундестагу. З травня 2019 року він також є головою берлінської ХДС.