Зустріч з О. Твардовським змушує його усвідомити, що справжнє його покликання — література. Від оповідань він переходить до створення великих творів. У 1962 в журналі«Новий світ» з'являється роман «Шлях Алтаю», який мав великий успіх. У 1964Твардовський публікує повість Залигіна «На Іртиші». Залигін-письменник невіддільний від Залигіна-громадянина: багато років веде боротьбу за порятунок величезних територій Півночі від затоплення, розпочату ще в 1962 статтею «Ліси, землі, води» і продовжував до кінця життя.
Протягом восьми років поєднує наукову роботу з літературою, активно публікуючись у Новосибірську та Москві. Нарешті Залигін залишає викладацьку та наукову діяльність, віддавши весь час і сили літературній творчості. Переїжджає до Москви, веде семінарипрози в літературному інституті.
У 1967 був опублікований роман «Солона падь», в 1975 — «Комісія». Як вчений він не міг пройти повз теми «Людина і НТП», і в 1970 — 1980-ті роки вона по-новому зазвучала в його творчості: роман «південноамериканський варіант» (1973), оповідання «Жінка і НТП». Перу Залигіна належать статті про Л. Толстого, О. Пушкіна, М. Гоголя, А. Платонова, В. Распутіна, В. Шукшин і багатьох інших. У 1982 — 85 був написаний роман «Після бурі». У 1987 була випущена його книга «Критика, публіцистика»; в 1988 — книга «Три пункту буття» (роман, повісті, оповідання) і збірник публіцистичних нарисів «Позиція»; в 1991 — «Проза. Публіцистика».
З 1985 і до кінця життя Залигін успішно керував російським журналом — «Новый мир».