Школа заснована в 1936 році. Після закінчення Великої Вітчизняної війни одним з перших в місті було відбудовано приміщення цієї школи, де у 1950 році розмістили середню школу № 3, а у 1960-ті роки їй було призначено № 13.
З 2001 року було покращено матеріальну базу, зокрема було оснащено кабінет інформатики[2].
Депутати Кременчуцької міської ради на сесії 28 травня 2013 року більшістю голосів (38 із 48 присутніх, 8 депутатів не голосувало, 1 — проти, 1 — утримався) проголосували за закриття школи. Учнів та вчителів переведено до сусідньої 19-ї школи.[3][4]
У приміщеннях 13-ї школи запропоновано розмістити суди — Автозаводський та Крюківський.[3]