Жан Карнічник починав займатися футболом у молодіжній команді «Драговград». На професійному рівні він дебютував у 2017 році у клубі «Марибор».[1] Більшість часу футболіст провів, граючи у дублі «Марибора». І хоча в основі він провів лише одну гру, та свою чемпіонську медаль за сезон 2016/17 Жан отримав.
В тому ж році Карнічник перейшов до складу клуба «Мура». З яким виграв національний кубок та чемпіонат Словенії. Влітку 2021 року захисник у складі своєї команди грав у кваліфікації Ліги чемпіонів та пізніше у груповому раунді Ліги конференцій.[1]
На початку 2022 року футболіст уклав угоду з болгарським клубом «Лудогорець».
↑ абАрхівована копія. Архів оригіналу за 23 грудня 2021. Процитовано 14 січня 2022.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)
↑Архівована копія. Архів оригіналу за 19 жовтня 2021. Процитовано 14 січня 2022.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)