Вихованець аматорського клубу «Лаганс АІК»[2]. Обоє батьків Еміля були дитячими тренерами в цьому клубі, а старший брат Густав виступав за «Лаганс» на позиції центрального захисника[1]. З 13 років Еміль виступав за першу команду клубу у 6-му за рівнем дивізіоні[1].
Влітку 2010 року перейшов в «Естерс»[3]. Дебютував 30 березня 2011 року у матчі першого раунду Кубка Швеції проти аматорського клубу «Гесслегольм», відіграв матч повністю[4]. У лізі Супереттан, другому за рівнем дивізіоні Швеції, дебютував 9 квітня 2011 року у матчі першого туру проти «Сундсвалля», також відіграв матч повністю[5]. У сезоні 2011 провів 24 матчі (всі — у стартовому складі), віддав 2 гольові передачі і, що рідкість для захисника, не отримав жодної картки[6]. «Естерс» зайняв 4-те місце[7].
«Гельсінгборг»
10 січня 2012 року перейшов в «Гельсінгборг»[2], сума трансферу склала близько 2 млн крон[8], контракт був розрахований на 3 роки[9]. У команді Крафту довелося боротися за місце в складі з досвідченими Еріком Вальстедтом та Крістоффером Андерссоном[sv][2]. Сезон 2012 «Гельсінгборг» почав з перемоги в матчі за Суперкубок Швеції, Крафт провів гру на лавці запасних[10]. Крафт дебютував за «Гельсінгборг» 27 квітня 2012 року у матчі 6-го туру чемпіонату проти «М'єльбю»[11]. 22 листопада 2012 року дебютував в єврокубках: на 25-й хвилині матчу Ліги Європи проти іспанського«Леванте» Крафт вийшов на заміну замість Крістоффера Андерссона[12]. У чемпіонаті 2012 виходив у стартовому складі 7 разів і на заміну 2 рази, віддав 1 гольову передачу[6]. «Хельсінгборг» посів 6-е місце[13].
Після сезону 2012 два крайніх захисника клубу (Вальстедт і Ерік Едман) завершили кар'єру, тому Крафт став основним правим захисником. 28 червня 2013 року Крафт забив перший гол у своїй кар'єрі, у ворота стокгольмськогоАІКа, вигравши боротьбу після подачі кутового[14]. У чемпіонаті 2013 провів 27 матчів (усі — у стартовому складі), забив 1 гол, віддав 4 гольові передачі та отримав 2 жовті картки[6]. «Гельсінгборг» посів 5-е місце[15]. Допоміг «Гельсінгборгу» дійти до фіналу Кубка Швеції 2013/14, зігравши у всіх 7-ми матчах[16][17][18][19][20][21][22].
11 квітня 2014 року продовжив контракт з ««Гельсінгборгом» до середини 2016 року[23]. У чемпіонаті 2014 провів 28 матчів (усі — у стартовому складі), забив 1 гол, віддав 1 гольову передачу, отримав 3 жовті картки[6]. «Гельсінгборг» зайняв 9-е місце[24]. 30 червня 2014 року головний тренер клубу Руар Гансен[sv] призначив 19-річного Крафта віце-капітаном команди, пояснивши свій вибір так: «Еміль, незважаючи на його молодий вік, хлопець, який бере на себе відповідальність і якого решта в команді слухають»[25]. Генрік Ларссон, який очолив «Гельсінгборг» по закінченні сезону, призначив віце-капітаном Югана Мортенссона[26].
«Болонья»
У серпні 2015 року Крафт був придбаний італійською «Болоньєю»[27]. Він дебютував у Серії А 24 жовтня 2015 року у грі проти «Карпі», однак матч виявився невдалим для шведа, який був замінений в першому таймі через травму[28]. Станом на 17 травня2018 року відіграв за болонської команду 42 матчі в національному чемпіонаті.
Подальша кар'єра
Протягом сезону 2018—2019 захищав кольори команди клубу «Ам'єн» на правах оренди. Після закінчення сезону був викуплений «Ам'єном» за 2 млн євро. Проте вже у серпні 5 млн євро був перепроданий англійському «Ньюкасл Юнайтед»[29].
Виступи за збірні
Юнацькі збірні
Виступав за юнацькі збірні з 16 років. Вперше був викликаний в збірну до 16 років в кінці 2010 року[30]. Перший матч за юнацьку (до 17 років) збірну провів 19 травня 2011 року, це був товариський матч з однолітками зі Швейцарії[31][32]. Другий матч за збірну свого року народження провів лише 14 серпня 2012 року, це був товариський матч з Фінляндією[33], в цьому матчі забив гол, при цьому м'яч торкнувся стійки воріт[34]. Виступав у відбірковому турнірі до чемпіонату Європи 2013 року, на якроу віддав 2 гольові передачі[35], але шведи не вийшли на турнір.
12 грудня 2013 року Ерік Гамрен включив Крафта до складу національної збірної Швеції на щорічне січневе турне, в якому беруть участь тільки гравці скандинавських клубів, причому Крафт був наймолодшим у складі[43]. Перший матч цього турне, 17 січня 2014 року зі збірної Молдови, став для Крафта дебютним у національній збірній, Крафт вийшов на заміну на 85-й хвилині гри замість Оскара Левіккі[44]. У другому і останньому матчі турне, 21 січня з Ісландією, Крафт вперше вийшов у стартовому складі національної збірної і відіграв матч повністю[45].
20 лютого 2014 року Ерік Гамрен вперше викликав Крафта в «повноцінну» збірну на товариський матч проти збірної Туреччини, який відбувся 5 березня в Анкарі[46]. Крафт провів цей матч на лавці запасних, на позиції правого захисника грав Себастіан Ларссон[47].
16 листопада 2014 року Ерік Гамрен викликав Крафта на товариський матч із Францією, замість травмованого Мікаеля Лустіга[48]. Крафт відіграв матч повністю[49]. Газета «Aftonbladet» поставила Крафту оцінку «2» за 5-бальною шкалою з коментарем: «Раптово був викликаний для перегляду. Пропустив першу атаку, але потім грав стабільно і спокійно»[50].
На січневому турне 2015 року відіграв 56 хвилин у матчі проти збірної Кот-д'Івуару, виграному з рахунком 2:0 15 січня 2015 року[51]. Матч з Фінляндією 19 січня 2015 року пропустив через проблеми з попереком[52].
У березні 2015 року Ерік Гамрен розглядав Крафта як кандидата в збірну, але Еміль був травмований; у відсутність травмованого Крафта виклик до збірної отримав Антон Тіннергольм[53].