За даними Міжвідомчої розвідки Пакистану (МРП), Джаїш-е-Мухаммад була створена[коли?] Людьми, пов'язаними з організацією Харкат аль-Муджахидін " .[6]. Членами Джаїш-е-Мухаммад в основному є колишні члени Харкат аль-Муджахидін, пов'язані з афганськими та пакистанськими талібами й аль-Каїдою. Члени Джаїш-е-Мухаммад тренуються в афганських таборах аль-Каїди.[7][2][8]. Більшість членів Харкат аль-Муджахидін перейшли в ДжеМ через недостатнє фінансування.
У грудні 1999 року, терористи захопили літак Indian Airlines, який повинен був летіти з Катманду в Делі, і перенаправили його в Кандагар, де він перебував під наглядом афганських талібів і пакистанських посадових осіб, дислокованих в аеропорту. Після того, як вони перерізали горло пасажиру, індійський уряд погодився на їх вимоги та випустив Маулана Масуда Азхара, Ахмеда Омара Саїда Шейха, Муштак Ахмеда Заргара і трьох членів Харкат аль-Муджахидін, раніше ув'язнених в Індії[9]. Звільнених в'язнів супроводжували співробітники МРП[6], а Масуд Азхар був обраний головою нової групи Джаїш-е-Мухаммад.[10]
Уряд Індії звинуватило Джаїш-е-Мухаммад в причетності до атаки на Індійський парламент у 2001 році.
У січні 2002 року уряд Президента Первеза Мушаррафа заборонив угруповання; у відповідь ДжеМ змінила свою назву на Хадд уль-Іслам[2]. У грудні 2002 року чотири члени ДжеМ були захоплені індійською владою і віддані суду. Усі четверо були визнані винними, а один з обвинувачених, Афзал Гуру був засуджений до смертної кари.
Після захоплення Афганістану талібами багато кадрів ДДМ було звільнено, ДДМ і таліби провели зустрічі, і ДДМ було запевнено у повній підтримці його діяльності в Індії. 27 жовтня 2021 року газета "Hindustan Times" повідомила, що лідер ДДМ Масуд Ажар зустрівся з лідерами талібів, в тому числі з муллою Барадаром, в Хандарі наприкінці серпня 2021 року, просячи їх про допомогу в боротьбі за Кашмір.[11]
↑ абвгCronin, Audrey Kurth; Huda Aden; Adam Frost; Benjamin Jones. Foreign Terrorist Organizations // CRS Report for Congress. — Washington, D.C. : Congressional Research Service, 2004. — Число 6. — 2. — С. 40—43. Архівовано з джерела 4 березня 2009. Процитовано 2009-12-02.
Popovic, Milos (2016), The Perils of Weak Organization: Explaining Loyalty and Defection of Militant Organizations toward Pakistan, Studies in Conflict & Terrorism, 38 (11), doi:10.1080/1057610X.2015.1063838