Орган утворено 17 липня2014 року з назвою Державна служба України з питань Автономної Республіки Крим, міста Севастополя та тимчасово переміщених осіб[3]. Перейменовано 22 жовтня 2014 року[4].
Положення про Службу прийняте тільки 24 вересня2015 року. Згідно з ним: Державна служба України з питань Автономної Республіки Крим та міста Севастополя є центральним органом виконавчої влади, діяльність якого спрямовується і координується Кабінетом Міністрів України та який забезпечує формування і реалізує державну політику з питань, пов'язаних з Автономною Республікою Крим та м. Севастополем.
Основними завданнями Служби є:
забезпечення формування і реалізація державної політики з питань, пов'язаних з Автономною Республікою Крим та м. Севастополем, зокрема щодо:
сприяння задоволенню національно-культурних, освітніх потреб, розвитку етнічної самобутності корінних народів та національних меншин, що проживають на тимчасово окупованій території України.
Службу очолює Голова, який призначається на посаду і звільняється з посади Кабінетом Міністрів України за поданням Прем'єр-міністра України.