Народився у 1731 році, в маленькому селі недалеко від шотландського міста Гамільтон.
У 1754 році переїхав до Лондона, де став помічником Філіпа Міллера, директора саду в Челсі.
У 1759 році став директором щойно відкритого Королівського ботанічного саду в К'ю, який під його керівництвом став найбагатшим у світі. Залишався директором до своєї смерті.
Батько ботаніка Вільяма Таунсенда Айтона, який успадкував пост директора ботанічного саду в К'ю.