Клуб було засновано в 1997 році в місті Рудишкес Тракайського району, але після придбання власного стадіону в 2003 році команда перебазувалася у Вільнюс.
У 2004 році «Ветра» виступав у Кубку Інтертото й дійшов до 3-го раунду турніру, в якому 3 матчі виграв, у 2-ох — розписав нічию, 1 програв, під час цього сезону вибив з подальшого розіграшу Кубку шотландський «Гіберніан». Проте в наступному, 2005, році в цьому ж турнірі команда виступила набагато гірше, поступившись румунському ЧФР (Клуж). В 2006 році «Ветра» протистояла ірландському «Шелбурну» з Дубліна в Кубку Інтертото, але поступилася з рахунком 0:1 вдома та 0:4 в Ірландії.
У 2007 році в другому раунді Кубку Інтертото «Ветра» протистояла варшавській «Легії», проте виїзний для литовців матч зірвали польські фани. На момент зупинки матчу рахунок був 2:0 на користь «Ветри», а 11 липня УЄФА вирішило зарахувати технічну перемогу литовському клубу з рахунком 3:0 та дискваліфікувати «Легію» з турніру. В третьому раунді турніру «Ветра» поступилася представнику Англії, клубу «Блекберн Роверз»[1] [Архівовано 13 липня 2007 у Wayback Machine.].
У сезоні 2008 року Кубку УЄФА «Ветра» поступилася «Вікінгу», незважаючи на перемогу в першому матчі з мінімальним рахунком.
У липні 2009 року «Ветра» став першим литовським футбольним клубом, який вийшов до плей-оф єврокубків, незважаючи на поразку в першій домашній грі. У другому кваліфікаційному матчі Ліга Європи УЄФА «Ветра» в першому матчі поступився фінському ГІКу, але переміг на виїзді фінський клуб з рахунком 3:1 та розписав нічию з англійським «Фулгемом». «Ветра» поступилася в домашньому поєдинку з рахунком 0:3, а це означало що «Фулгем» вибив литовський клуб з розіграшу турніру.
Протягом цього часу клуб виступав у вищому дивізіоні литовського чемпіонату А-лізі, але влітку 2010 року через фінансові проблеми та боргів перед гравцями, тренерами та іншим персоналом клубу Литовська Футбольна Федерація дисваліфікувала клуб з розіграшу литовського чемпіонату[1], а незабаром клуб було розформовано.
↑Архівована копія. Архів оригіналу за 29 жовтня 2016. Процитовано 12 лютого 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)