У 1996 році стала заступницею директора Фонду «Демократичні ініціативи», а у 2001 році — його науковою керівницею. Вона була науковою редакторкою бюлетеня «Політичний портрет України» фонду «Демократичні ініціативи».[4] Фонд одним з перших почав проводив екзит-поли в України, а екзит-пол під час виборів Президента України 2004 року, який зафіксував масштабні фальсифікації і став одним з каталізаторів Помаранчевої революції[5].
У 2010 році, після смерті керівника фонду Ілька Кучеріва, очолила Фонд «Демократичні ініціативи»[4][6][7]. За часів її керівництва Фонд став однім із провідних аналітичних центрів країни, який регулярно проводив дослідження громадської думки і аналізував важливі для українців процеси[8][9], зокрема, у 2015 році «Демініціативи» увійшли до рейтингу 90 найвпливовіших аналітичних центрів Східної і Центральної Європи за версією Пенсильванського університету (США)[10].
У 2007, 2008 та 2019 Ірина Бекешкіна роках входила у список 100 найвпливовіших жінок України за версією журналу «Фокус»[11][12][13]. Пізніше, у 2018 та 2020 роках вона входила до «ТОП-100 успішних жінок України» у сфері «Суспільство» за версію журналу «НВ»[14][10][15]
Займалася розробкою критеріїв оцінки рівня демократії у посткомуністичних країнах[12]. Також Бекешкіна запропонувала українським соціологам під час публікації результатів соціологічного дослідження вказувати його замовника[11].
Під час Євромайдану Ірина Бекешкіна критикувала авторитарний режим Януковича і передбачала можливість початку громадянської війни в разі тиску правоохоронців на опозицію[5].
До останніх днів життя плідно працювала над проведенням опитувань, заходів, мала нові ідеї та плани.[16]
До кола наукових інтересів Ірини Бекешкіної належали проблеми вивчення тенденцій громадської думки щодо найважливіших політичних процесів всередині країни, зокрема реформ у ключових сферах, а також проблеми комунікації держави з прифронтовими територіями Донбасу.[4]
Вона є авторкою структурної моделі особистості як об'єкту комплексного дослідження та концепції електоральної поведінки, її особливостей в Україні.
Авторка понад 100 наукових праць та великої кількості публікацій у ЗМІ.
Структура личности как объект комплексного исследования (1986);
Демократизація суспільства і розвиток особистості. Від тоталітаризму до демократії / Є. І. Головаха, І. Е. Бекешкіна, В. С. Небоженко. — Київ: Наукова думка, 1992. — 267 с.
Соціальні конфлікти і молодь / В. П. Перебенесюк, І. Е. Бекешкіна; Укр. НДІ проблем молоді. — Київ: Наук. думка, 1994. — 107 c.;
Конфліктологічний підхід до аналізу суспільно-політичної ситуації в Україні / І. Е. Бекешкіна. — Київ: Абрис, 1994. — 48 с;
Вибори-2002 в оцінках населення і експертів (2002, головний редактор);
Exit-poll: парламентські вибори-1998, президентські вибори-1999, парламентські вибори-2002 (2002, головний редактор).
Субкультурна варіативність українського соціуму / Л. Аза, І. Бекешкіна, О. Вишняк та ін.; Ін-т соціології НАН України. — Київ: Ін-т соціології НАН України, 2010. — 287 c.
Публікації
Україна передвиборча: реалії громадської думки та їх можливий вплив на електоральний вибір // Соціальні виміри суспільства. Збірник наукових праць. 2019. Вип. 11 (21).
Післявиборчі зміни і громадянське суспільство // Українське суспільство: моніторинг соціальних змін. 2019. Вип. 6 (20).
Громадяни про громадянське суспільство: що змінилося? // Громадянське суспільство України: політика сприяння та залучення, виклики та трансформації: аналіт. доп. / [Яблонський В. М., Бекешкіна І. Е., Гелетій М. М. та ін.] ; за заг. ред. О. А. Корнієвського, Ю. А. Тищенко, В. М. Яблонського. Київ: НІСД, 2019. C. 13–24.
Вступне слово // Національний екзит-пол'2019: президентські і парламентські вибори. К.: Фонд «Демократичні ініціативи», 2019.
Розділ 6. Мотивація електорального вибору: президентські і парламентські вибори // Національний екзит-пол'2019: президентські і парламентські вибори. К.: Фонд «Демократичні ініціативи», 2019.
Розділ 8. Вибори-2019: суспільні наслідки і перспективи // Національний екзит-пол'2019: президентські і парламентські вибори. К.: Фонд «Демократичні ініціативи», 2019.
Громадянське суспільство в Україні: погляд громадян // Соціологічні виміри громадянського суспільства в Україні / за наук. ред. О. Резніка. Київ: Інститут соціології НАН України, 2019. C. 110—119.
Українське громадянське суспільство: самооцінка і діагностика // Соціологія: теорія, методи, маркетинг. 2019. № 3. С. 18–21.
Суспільні настрої, влада та громадянське суспільство: за результатами соціологічних досліджень // Громадянське суспільство України: сучасні практики та виклики розвитку. Аналітична доповідь — К.: Національний інститут стратегічних досліджень, 2018. С. 17–34.
Соціальні протести: коли і чому? // Громадські протести в контексті державотворення. Київ: Дух і літера, 2018. С. 48–51.
Держава і громадські протести // Філософська думка. 2018. № 1. С. 41–44.
Ставлення українців до політичних партій та перспективи побудови партійної системи в Україні // Українське суспільство: моніторинг соціальних змін. Вип. 4 (18). К.: Інститут соціології НАН України, 2017. C. 42–48.
Вирішальний 2014-й: роз'єднав чи з'єднав Україну? // Трансформації суспільних настроїв в умовах протидії агресії Росії на Донбасі: регіональний вимір / Наук. ред. О. Гарань. К.: Стилос, 2017. С. 8–39.
Партійна система України після Майдану: регіональні особливості в умовах незавершеної трансформації // Трансформації суспільних настроїв в умовах протидії агресії Росії на Донбасі: регіональний вимір / Наук. ред. О. Гарань. К.: Стилос, 2017. С. 40–70.
Чи може соціологія прогнозувати протести? // Соціологія: теорія, методи, маркетинг. 2017. № 4. С. 214—216.
Війна і мир: цілинне поле для соціологів // Соціологія: теорія, методи, маркетинг. 2017. № 2. С. 16–18.
Реформи і соціологія // Соціологія: теорія, методи, маркетинг. 2017. № 13. С. 48–50.
Що українці знають і думають про права людини: загальнонаціональне дослідження / [І. Бекешкіна, Т.Печончик, В.Яворський та ін.]; під заг. ред. Т. Печончик. Київ, 2017. 308 с.
Шекспірівський соціальний космос Майдану // Філософська думка. 2016. № 4. С. 12–14.
Донбас-2015: деякі проблеми реінтеграції регіону // Українське суспільство: моніторинг соціальних змін. Вип. 2 (16). К. : Інститут соціології НАН України, 2015. С. 40–50.
Донбас як особливий регіон України // Соціальні виміри суспільства. Вип. 7 (18). К.: ІС НАН України, 2015. С. 66–74
Партійні вибори в Україні: радикальні зміни // Національний екзит-пол: парламентські вибори — 2014. К.: Фонд "Демократичні ініціативи, 2015. С. 35–42.
Ukraine–2014: How has the Society Chalanged // Belarus Realyty, 2014, № 14, p. 2–7.
Рік 2014-й: від президентських виборів до парламентських. До єдності чи роз'єднаності? // Українське суспільство 1992—2014. Стан та динаміка змін. Соціологічний моніторинг. К.: ІС НАН України, 2014. С. 83–91.
Майдан: хто, чому і навіщо? // Соціальні виміри суспільства. Збірник наукових праць. К.: ІС НАН України, 2014. С. 304—313.
Президентські вибори — 1999, 2004, 2010, 2014 у вимірах Екзит-полу // Національний екзит-пол: президентські вибори — 2014. К.: Фонд "Демократичні ініціативи, 2014. С. 36–40.
Президентські вибори — 2015: стартові позиції кандидатів // Українське суспільство 1992—2013. Стан та динаміка змін. Соціологічний моніторинг / За ред. д.ек. н. В.Ворони, д.соц. н. М.Шульги. К.: Інститут соціології НАН України, 2013. С. 16–22.
Вибори 2012: динаміка рейтингів та мотивація вибору // Соціальні виміри суспільства. Зб. наук. праць. Вип. 5 (16). К.: Інститут соціології НАН України, 2013. С.239–254.
Вибори 2012: оцінки, мотивація, інформованість виборців // Україна 2012: політичний портрет. — К.: Фонд «Демократичні ініціативи», 2013, № 39. С. 5–36.
Партійні вибори в Україні: стабільність і зміни // Національний екзит-пол: парламентські вибори 2012. — К.: Фонд «Демократичні ініціативи», 2013. С. 47–54.
Українські партії на парламентських виборах і структурованість українського суспільства // Українське суспільства 1992—2012. Стан та динаміка змін. Соціологічний моніторинг / За ред. д.ек.н. В.Ворони, д. соц. н. М.Шульги. К.: ІС НАН України, 2012. С.59–71.
Ставлення населення до створення об'єднань співвласників багато-квартирних будинків // Громадська думка. 2012. № 1. С.3–12.
Моніторинг системи вищої освіти в Україні і Болонський процес / І.Бекешкіна, О.Злобіна // Методологія, теорія і практика соціологічного аналізу сучасного суспільства. Збірних наукових праць. — Харків: ХНУ ім. В. Н. Каразіна. 2012. Вип. 18. С.393–399.
Корупційні ризики у сфері надання адміністративних послуг. К.: Рада Європи, 2009. 41 с.
Динаміка оцінок населенням стану демократії в Україні (2004—2007) / Українське суспільство 1992—2007. Динаміка соціальних змін. — Київ, 2007. — С. 24-37.
Цінності громадянського суспільства і моральний вибір: український досвід / Міжнар. фонд «Відродження», Ін-т лібер. сусп-ва; Г. Бабінський, І. Е. Бекешкина, О. В. Білий та ін.. — Київ: Етна-1, 2006. — 363 с.
Демократія, політична культура та громадянське суспільство в Україні / Розвиток демократії в Україні: Матеріали міжнар. наук. конф. — К. 2001. с. 629—638
Довіра та оцінка діяльності як показники політичного успіху / І. Е. Бекешкіна // Українське суспільство — моніторинг 2000 р. Інфор-маційно-аналітичні матеріали / за ред В. М. Ворони, А. О. Ручки. — К. :Ін-т соціології НАН України , 2000. — С. 141—151.
Чи є в Україні загальнонаціональні лідери? / Політична думка, 20-21, 1994.