Спочатку адміністрація складалася з 13 підрозділів. Пізніше, до середини 1993, з виходом «Положення про адміністрацію» до її складу входило 26 управлінь та відділів. У цьому положенні підкреслювалося, що адміністрація є «апаратом, створеним для забезпечення діяльності президента Російської Федерації». У грудні того ж року була прийнята Конституція Російської Федерації і адміністрація президента отримала конституційний ранг (п. «і» ст. 83).
2 жовтня1996 був виданий указ «Про затвердження положення про адміністрацію президента Російської Федерації», яким було введено в дію Положення про адміністрацію президента Російської Федерації. Однак у плані призначення адміністрації це нічого не змінило.
Що стосується реальних функцій адміністрації, багато чого залежало від її керівника. Приміром, в 1996 р. цей пост при президенті Б. М. Єльцина зайняв відомий політик А. Б. Чубайс. Він вирішив піднести роль адміністрації, посилити її вплив на суспільно-політичні процеси, зробити у вищому ступені залежною від неї федеральну виконавчу владу. В указі 1996 р. якраз і відбилися претензії керівника адміністрації. У Положенні було записано, що «адміністрація є державним органом, що забезпечує діяльність президента Російської Федерації», розширені багато її можливості контролю щодо інших органів, особливо органів виконавчої влади.
Депутати Державної Думи оскаржили указ президента в Конституційному Суді Росії. До Положення про адміністрацію були внесені зміни, що пом'якшують її можливості, і депутати відкликали своє звернення з Конституційного Суду, але в Положенні збереглася характеристика адміністрації як державного органу.
З часом відбувалася реструктуризація адміністрації президента. Підкреслюючи особливу роль адміністрації у своєму посланні 30 березня1999 р. президент Росії зазначив:
"Серйозні завдання стоять перед адміністрацією президента, якій слід працювати більш організовано, скоординовано з органами державної влади, а головне — посилити контроль за виконанням рішень президента. На жаль, останнім часом через бездіяльність окремих керівників і чиновників нею втрачені багато займані позиції. адміністрація повинна не просто представляти президента, а бути активним провідником його політики ".
Необхідно було нове положення про адміністрацію і в 2004 р. «з метою формування адміністрації президента Російської Федерації, визначення правового статусу та правових засад діяльності адміністрації президента Російської Федерації і її посадових осіб» було затверджено нині чинне Положення. Тепер адміністрація складається з 18 самостійних підрозділів.