Weigel hyllade en närmast panteistisk världsåsikt med mystik tendens och gav upphov till en egen sekt, de så kallade weigelianerna. Under sin livstid höll han dock sina uppfattningar hemliga. De flesta av hans skrifter utkom från trycket först tjugo år eller mer efter hans död. 1626 brändes de offentligt.
Bibliografi
"Unterrichts-Predigt: Wie man christlich trauern und täglich solle im Herrn sterben", 1576
"Libellus de vita beata", 1609
"Ein schön Gebetsbüchlein, welches die Einfältigen unterrichtet", 1612
"Der güldene Griff, alle Ding ohne Irrtum zu erkennen", 1613
"Ein nützliches Traktätlein vom Ort der Welt", 1613
"Dialogus de Christianismo", 1614
"Erkenne dich selbst", 1615
"Informatorium oder Kurzer Unterricht", 1616 (erweitert: "Soli deo gloria", 1618)
