Vagnsjön kan syfta på ett antal insjöar i Sverige:
- Vagnsjön, Småland, sjö i Eksjö kommun, 57°40′11″N 15°21′48″Ö / 57.6697°N 15.3632°Ö / 57.6697; 15.3632 (Vagnsjön, Småland) (8,15 ha)
- Vagnsjön, Västergötland, sjö i Skara kommun, 58°24′20″N 13°37′44″Ö / 58.4056°N 13.629°Ö / 58.4056; 13.629 (Vagnsjön, Västergötland) (21,1 ha)
- Vagnsjön, Östergötland, sjö i Ödeshögs kommun, 58°06′42″N 14°47′27″Ö / 58.1118°N 14.7909°Ö / 58.1118; 14.7909 (Vagnsjön, Östergötland) (29,8 ha)
- Vagnsjö, sjö i Strömstads kommun, 59°02′01″N 11°09′01″Ö / 59.0335°N 11.1504°Ö / 59.0335; 11.1504 (Vagnsjö) (15 ha)
