Svartahavsflottan tillhörde mellan åren 1696 och 1917 Tsarryssland och mellan åren 1917 och 1991 Sovjetunionen. I samband med Sovjetunionens upplösning 1991/1992 tillföll större delen av flottan Ukraina, då större delen av flottan var förlagd på det som blev ukrainskt territorium. Detta ledde till en konflikt mellan Ryssland och Ukraina, då de flesta officerarna var lojala mot Ryssland. För att lätta på spänningarna undertecknades ett interimistiskt fördrag mellan Ryssland och Ukraina om upprättandet av en gemensam rysk-ukrainsk Svartahavsflotta under bilateralt kommando (och sovjetiska marinens flagga).
1997 undertecknades ett nytt fördrag mellan Ryssland och Ukraina om upprättandet av två oberoende nationella flottor, vilket medförde att flottan delades mellan de två nationerna. Vidare undertecknades ett hyresavtal mellan de båda länderna, där Ryssland hyrde marinbasen vid Sevastopol fram till 2017, vilket år 2010 förlängdes till 2042.
2014 invaderade Ryssland Krim vilket ledde till att Ukraina förlorade kontrollen över staden Sevastopol och flottbasen.
Fartyg i urval
Amiral Grigorovitj, fregatt i Amiral Grigorovitj-klassen, itjänsttagen i Svartahavsflottan 2016
Amiral Makarov, fregatt i Amiral Grigorovitj-klassen, itjänsttagen i Svartahavsflottan 2017