Norderön är namngiven efter den fornnordiska guden Njord, far till fruktbarhetens gudFrö. I de tidigaste källorna skrivs Norderön som Njærðarey.
Mitt på ön står en av de äldsta kyrkorna i Storsjöbygden, Norderö kyrka från 1100-talet. Kyrkans takstolar sägs vara byggda år 1171 och är ett av de tidigaste exemplen på takstolar som tillverkats i Norden. Gravhögar på åkermarken vittnar om järnålderns norderöbönder. En fornminnesplats med kokgropar från 1000-talet finns på öns östra strand, strax norr om ångbåtsbryggan. År 1560 fanns det åtta gårdar på Norderön.