Kungliga Djurgårdens Förvaltning förvaltar området på kungens uppdrag. Förvaltningen har sitt kansli i Stora Skuggan på Norra Djurgården, vid Stora Skuggans väg 22. Förvaltningen har det juridiska och praktiska ansvaret för Ekoparkens skötsel, inklusive Hagaparken och Ulriksdals slott. Kungliga Djurgårdens Förvaltning får sina intäkter genom hyror och arrenden, vilket bland annat innebär att Kungliga Nationalstadsparken inte finansieras med skattepengar.
Förvaltningens byggnad finns på Stora Skuggans väg 22 intill södra gränsen av före detta Stora Skuggans skjutbanor. Huset uppfördes 1984 efter ritningar av arkitekt Arne Clevestam som Naturens Hus och byggdes 1997 om till kanslibyggnad för Djurgårdsförvaltningen sedan stiftelsen bakom verksamheten för Naturens Hus begärts i likvidation.