Göran Hägglund valdes till ny partiledare för Kristdemokraterna den 3 april 2004. På sommaren samma år bildade han och partiet tillsammans med de andra borgerliga riksdagspartierna Allians för Sverige. Alliansen enade partierna som tidigare haft svårt att komma överens och lyckades vinna riksdagsvalet 2006 och regeringsmakten. I regeringen Reinfeldt fick Kristdemokraterna tre ministerposter: Socialminister (Göran Hägglund), Äldre- och folkhälsominister (Maria Larsson) samt Kommun-, bostads- och finansmarknadsminister (Mats Odell). Regeringstiden och Allianssamarbetet gav partiet dåliga opinionssiffror, i perioder under 4%-spärren. I riksdagsvalet 2010 backade partiet till 5,6% av rösterna, vilket var det sämsta valresultatet sedan 1994. Alliansen fick dock stanna kvar vid regeringsmakten även om de förlorade sin majoritet i riksdagen. I och med den nya riksdagen beslutade partiet sig för att göra en ministerrockad där Mats Odell blev av med sina ministerposter i förmån för Stefan Attefall som blev civil- och bostadsminister. Det beslutet fattades av partiledaren Göran Hägglund.[1] Efter riksdagsvalet 2010 fick partiet återigen dras med låga opinionssiffror runt eller under 4%-spärren.
1Koalitionsregering med Moderaterna, Centerpartiet och Folkpartiet · 2Koalitionsregering (Alliansen) · 3Koalitionsregering med Moderaterna och Liberalerna