Indre Missions huvudsakliga verksamhet föregår i missionshus runt om i Danmark. Tidigare drev man även en rad missionshotell, som bland annat kännetecknades av att de inte sålde alkohol. Idag finns det bara två sådana missionshotell kvar, ett i Köpenhamn och ett i Svendborg. Däremot drivs fortfarande ett flertal sjömanshem av, den Indre Mission närstående, Indenlandsk Sømandsmission.