I mars 1921 utbröt revolter, kallade Märzaktion, i flera tyska städer, bland annat Halle och Hamburg. Revolterna var organiserade av personer ur KPD, KAPD och andra vänsterradikala grupperingar. Brandler greps och dömdes till fem års fängelse.
I slutet av 1920-talet uppstod det missnöje med Ernst Thälmanns styre av KPD. Det hela slutade med att Brandler och Thalheimer blev uteslutna ur KPD efter att ha kritiserat Thälmann; de två grundade istället Kommunistische Partei-Opposition (KPO). Brandler kom i och med detta att tillhöra högeroppositionen.
Efter Adolf Hitlers utnämning till tysk rikskansler i januari 1933 emigrerade Brandler och Thalheimer till Paris och senare till Kuba.
Bibliografi (urval)
Justiz und Rechtswesen: 2 Berichte aus Rußland. 1919
Durch die Räte zur Einheit der Arbeiterklasse und zum Kommunismus. 1919
Revolutionierung oder Verfall des Deutschen Bauarbeiterverbandes. 1920
Rede: gehalten auf dem 1. Kongress der Betriebsräte der Gewerkschaften Deutschlands. 1920
Wer soll die Kriegsrechnung bezahlen? 1920
Die aktion gegen Kapp-putsch in Westsachsen. 1920
Betriebsräte und politische Arbeiterräte: nebst Anhang Leitsätze über die Aufgaben der Betriebsräte, Organisation der Betriebsräte und Leitsätze für die politischen Arbeiterräte: Rede des Genossen Brandler auf dem 5. Parteitag der KPD (Spartakusbund) in Berlin, am 2. November 1920. 1920
Gewerkschaften und Betriebsräte: Referat des Genossen Brandler auf dem Vereinigungsparteitag im Dezember 1920 in Berlin. 1920
Der Hochverrats-Prozeß gegen Heinrich Brandler vor dem außerordentlichen Gericht am 6. Juni 1921 in Berlin. 1921
War die Märzaktion ein Bakunisten-Putsch? 1921
Gewerkschaften und Genossenschaften. 1924
Der Hessen-Streik und seine Lehren: die Aufgaben der klassenbewussten Gewerkschafter. 1951
Zur weltpolitischen Lage: Artikel aus der Arbeiterpolitik, Jahrgänge von 1965 bis 1967. 1967
Unabhängige Kommunisten: der Briefwechsel zwischen Heinrich Brandler und Isaac Deutscher, 1949 bis 1967. 1981
Die Sowjetunion und die sozialistische Revolution: 1950. 1982