ICTY åtalade Hadžić bland annat för krigsförbrytelser mot kroatisk civilbefolkning i bland annat Vukovar år 1991. Han misstänktes för sammanlagt 14 brott mot mänskligheten under krigen i forna Jugoslavien[4], bland annat:
Mord och förföljelse av kroater och icke-serber i östra Slavonien.
Utdraget fängslande av civila i läger där tortyr, misshandel och dödande förekom.
Påtvingad förflyttning av tiotusentals icke-serber inom det område som han kontrollerade, i syfte att göra det serbdominerat.