Den 26 januari 2018 fick Brännström lämna sin dåvarande roll som chef för Totalförsvarsavdelningen vid Högkvarterets ledningsstab efter en konflikt med myndighetens ledning. Han hade i en uppmärksammad debattartikel i Svenska Dagbladet tillsammans med två andra officerare hävdat att försvarsplaneringen måste utgå från överväganden av vilket hot potentiella angripare faktiskt utgör, inte från gissningar om hur sannolikt ett angrepp skulle vara. Brännström liknade det svenska försvaret vid ett hockeylag där spelarna varken tränat ihop eller hade skridskor och klubbor så att det räckte åt alla.[5]:2m8s
Efter en påföljande tvist i Arbetsdomstolen som slutade i förlikning meddelade Brännström i september 2018 att han inte längre ville tjänstgöra i Försvarsmakten varpå han sagt upp sig från myndigheten.[6]
Civilt yrkesliv
Brännström arbetar (2023) som senior rådgivare inom krisberedskap och IT-säkerhet,[5]:2m27s anställd av Basalt AB.[5]:31m40s
^Karlsson, Yvonne (red.): Svensk försvars- och beredskapskalender 2008 (SecLink, Eskilstuna 2008), s. 404. Anders Brännström föddes i Hancock under föräldrarnas tillfälliga vistelse där. De var vid tidpunkten folkbokförda i Tärendö församling i Norrbottens län, som därför anges som Anders Brännströms födelseort i folkbokföringen. Lundquist, Jan: "En alldeles ovanlig biskop ur tiden", Piteå-Tidningen, länk, publicerat 2008-12-13, arkiverad version 2013-04-18. Sveriges befolkning 1980, CD-ROM, version 1.00 (Sveriges Släktforskarförbund 2004).
^Anderson, Björn: Kungl Krigsvetenskapsakademien. Svenska Krigsmanna Sällskapet (till 1805), Kungl Krigsvetenskapsakademien. 20 år med akademien och dess ledamöter 1996–2016 (Kungl. Krigsvetenskapsakademien, Stockholm 2016), s. 40.