Родился в семье генерала-кавалериста, учился на историко-филологическом факультете Новороссийского университета, который по болезни оставил до окончания курса. Молодость его прошла в Одессе, где он некоторое время служил по городскому общественному управлению. На литературное поприще выступил в 1868 году в «Одесском вестнике». С 1872 года сотрудничал со «Знанием», в 1876—1879 гг. был товарищем редактора «Одесского вестника».
Умер Южаков в петербургской Георгиевской общине сестер милосердия, куда перевезен был за два месяца до своей смерти. До последних минут своей жизни он не переставал интересоваться политическими и общественными событиями в России и заграницей, областью, которой он посвятил около 40 лет своей жизни.
Примыкал к субъективной школе социологии, которую считал специфически «русской социологической школой». Указывал, что в социальном процессе, наряду с биологическими факторами, действуют и факторы этические, которые, с успехом цивилизации, берут перевес над первыми и подчиняют их себе. «Социальный прогресс, — говорил Южаков, — представляется процессом уравновешения внутренних и внешних отношений жизни и среды»: в этом прогрессе жизнь, приспособляясь к среде, в свою очередь приспособляет среду к своим потребностям, создавая особую среду — «социальную культуру». Благодаря этому новому фактору борьба за существование перестаёт быть всерешающим фактором, и проявляется тенденция к совершенному искоренению этой борьбы, которая человеком, сколько-нибудь развитым, признаётся явлением безнравственным. Борьба между людьми сменяется борьбой людей, объединённых солидарностью, с природой, что ведёт к тенденции «уравновесить размножение населения умножением средств».
Основы своего широко-гуманного миросозерцания изложил в «Социологических этюдах».
Южаков С. Н. Женщина-избирательница : (К вопросу о реформе русского избирательного права). — М.: Л. О. Крумбюгель и Н. Н. Худяков, 1906. — 16 с.
Южаков С. Н. К вопросу о земледельческой будущности русской чернозёмной полосы : (Письма о периодических земледельческих кризисах в Южной и Восточной России, о их причинах и средствах к их устранению). — М.: тип. Н. С. Скворцова, 1881. — 38 с. — (из «Русских ведомостей». — 1881).
Южаков С. Н. Любовь и счастье в произведениях Пушкина : (Критич. этюд). — Одесса: Г. Бейленсон и И. Юровский, 1895. — 60 с. — (извлечение из: Любовь и счастье в произведениях русской поэзии // Северный вестник. — 1887. — № 2, 4).
Южаков С. Н. М. М. Сперанский : Его жизнь и общественная деятельность : Биогр. очерк. — СПб.: тип. т-ва «Общественная польза», 1892. — 88 с. — (Жизнь замечательных людей : Биогр. б-ка Ф. Павленкова).
Южаков С. Н. Социологические этюды. — изд. пересмотр. и доп. — СПб.: тип. М. М. Стасюлевича, 1891—1896. — Т. 1, 2.
↑Кудрявцев А. Н., Шкода Г. Н. Волковское православное кладбище и Литераторские мостки // Исторические кладбища Санкт-Петербурга / А. В. Кобак, Ю. М. Пирютко. — Изд. 2-е, дораб. и испр. — М. : Центрполиграф ; СПб. : Русская тройка — СПб, 2011. — С. 439. — ISBN 978-5-227-02688-0. — OCLC812571864.