Город был основан португальцами в начале 1900-х годов под названием Жуан-Белу, рядом с городом Лоуренсу-Маркиш (в настоящее время Мапуту)[1]. Жуан-Белу рос и развивался в качестве сельскохозяйственного и промышленного центра (основной продукцией были рис и кешью), здесь было развито банковское дело и медицина.
После провозглашения независимости от Португалии в 1975 году, Вила-ди-Жуан-Белу[2] был переименован в Шаи-Шаи[3]. Город сильно пострадал от наводнения в 2000 году[англ.], некоторые здания погрузились на 3 метра под воду[4].