Родился и вырос в южной Калифорнии, в Лос-Анджелесе. Согласно собственным высказываниям, уже в юности был поклонником жанра «хоррор» в кинематографе. Первоначально работал режиссёром при создании рекламных роликов и музыкальных клипов. Тогда же Майкл Чавес приобрёл опыт в создании спецэффектов на съёмках, что пригодилось ему позднее.
Начинал свой путь в кино со съёмок короткометражных фильмов и телесериалов. В 2016 году создал короткометражную картину The Maiden (Девственница), завоевавшую на фестивале «Shriekfest» приз в категории «Лучший фильм ужасов» (Best Super Short Horror Film). Спустя неделю после того, как The Maiden была им выложена в интернете, Майкл Чавес получил предложение режиссировать на съёмках кинофильма «Проклятие плачущей ((The Curse of La Llorona))». После переговоров с кинокомпанией New Line Cinema он принял это предложение.
В конце января 2019 года вышел в свет созданный Майклом Чавесом для американской певицы Билли Айлиш музыкальный видеоклип Bury a Friend (Похоронить друга, а в марте того же года состоялась премьера хоррор-фильма «Проклятие плачущей». В октябре 2018 года стало известно, что режиссировать на съёмках следующего кинофильма из серии «Заклятие», «Заклятие 3: По воле дьявола ((The Conjuring: The Devil Made Me Do It)» также будет Майкл Чавес. Этот фильм вышел на экраны в 2021 году.
Семья и увлечения
Майкл Чавес — отец двоих детей, родившихся в 2010-е годы. По собственному признанию, Чавес является горячим поклонником кинофильмов, снятых в 1990-е годы и в начале 2000-х годов.