Фукс был убежденным христианином и социалистом. Он написал ряд книг об отношениях марксизма с христианством. В 1958 году стал почётным членом восточногерманского Христианско-демократического союза, который участвовал в правительстве Восточной Германии и проводил прокоммунистический курс. 9 февраля 1961 года Фукс стал членом Христианской комиссии, которая была призвана вести дискуссию по вопросам государства и церкви с руководителем ГДР Вальтером Ульбрихтом. С тех пор Эмиль Фукс был вовлечен в процесс нормализации отношений между государством и церковью в Восточной Германии. Хотя Фукс был преданным сторонником ГДР, иногда он выступал против линии партии. Фукс был против преследования молодёжных конгрегаций в 1950-х годах, а когда в Восточной Германии была введена всеобщая воинская повинность, ему удалось убедить коммунистических лидеров разрешить альтернативную гражданскую службу. Те, кто отказывался проходить обычную службу в армии, соответственно, могли служить в строительных войсках и работать на строительстве.
Семья
В 1906 году он женился на Эльзе Вагнер (1875—1931), дочери немецкого агрохимика Пауля Вагнера, которая позже покончила жизнь самоубийством. У них было четверо детей: Элизабет (1908—1938, самоубийство), Герхард (1909—1951), Клаус (1911—1988) и Кристель (род.1913). Как и их отец, дети Фукса были сторонниками социалистических идей. Его сын Клаус Фукс, физик, был «атомным шпионом», признанным виновным в передаче СССР информации о разработках и создания атомного оружия, которые велись в США и Великобритании во время и сразу после Второй мировой войны. Эмиль Фукс позже прокомментировал, что он гордится поступком своего сына, и что тот стал одним из спасителей человечества. Деятельность Клауса, по его мнению, возможно, помогла предотвратить третью мировую войну, которая вполне могла тогда случиться.