Фрэнсис Уиппл родился 17 марта 1876 года в семье сотрудников Обсерватории Кью[англ.] Джорджа Мэтьюза Уиппла (1842—1893; англ.George Mathews Whipple)[3] — автора трудов по гравиметрии, геомагнитным, метеорологическим приборам[4] и Элизабет Марты Бекли[англ.] (1846—1927) — астрономического фотографа[5][6], что не могло не способствовать решению мальчика (и его братьев, например: Роберта Стюарта[англ.]) посвятить свою жизнь науке.
С 1899 по 1912 год Фрэнсис Джон Уэлш Уиппл был ассистентом в Школе Мёрчант Тэйлорс, а затем с 1912 года работал в Метеорологическом бюро[англ.][10].
С 1925 года Ф. Уиппл занимал посты заместителя директора метеорологической службы и суперинтенданта Королевской обсерватории[англ.], где сменил Чарльза Кри[англ.]; он оставался на этом посту до выхода на пенсию в 1939 году[5]. В качестве суперинтенданта Уиппл сыграл важную роль в регистрации землетрясений, поскольку с 1898 года в обсерватории располагалась сейсмологическая контрольно-измерительная аппаратура. Уиппл приложил значительные усилия направленные на улучшение качества сейсмологических наблюдений. Он одним из первых понял, что на чувствительность сейсмометров существенно влияет ветер, который доводил погрешность измерений до неприемлимых величин. Поэтому он спроектировал и ввёл в эксплуатацию новый подземный бункер для сейсмометров[11].
Уиппл был знаком с выдающимися сейсмологами всего мира и являлся научным сотрудником FInstP[англ.]. В 1929 году он получил степень доктора философии в Кембридже.
В 1931—1939 гг. доктор Уиппл был председателем Комитета сейсмологических расследований при Британской ассоциации содействия развитию науки[12], а также работал в Национальном комитете геодезии и геофизики (англ.National Committee for Geodesy and Geophysics)[13].
W. N., Bailey (1943). "Francis John Welsh Whipple". Journal of the London Mathematical Society. s1-18 (4): 249—256. doi:10.1112/jlms/s1-18.4.249. Obituary of Francis John Welsh Whipple by W. N. Bailey: J. London Math. Soc., October 1943; s1-18: 249—256 (англ.).