Мюллер приобрел громкую известность исследованием микроскопической анатомии глаза и в частности сетчатки — «Untersuchungen über den Bau der Retina des Menschen» (Лейпциг, 1856); кроме того Мюллер напечатал ряд статей по тому же вопросу, которые после смерти Мюллера были изданы под заглавием «Heinrich Müller’s gesammelte und hinterlassene Schriften z. Anatomie und Physiologie des Auges» (Лейпциг, 1872).
В другой важной работе, «Ueber die Enwickelung der Knochensubstanz, nebst Bemerkungen über den Baurachitischer Knochen» («Zeitschrift f. wiss. Zoologie», IX, 1858), он впервые выяснил окончательно отношение собственно кости к хрящу.
Кроме того, Мюллер напечатал ряд сравнительно анатомических исследований (над головоногими, сальпами и др.).
Пожалуйста, дополните её ещё хотя бы несколькими предложениями и уберите это сообщение. Если статья останется недописанной, она может быть выставлена к удалению. Для указания на продолжающуюся работу над статьёй используйте шаблон {{subst:Редактирую}}. (9 марта 2023)