В 1939 году был назначен на должность полномочного представителя СССР в Японии. 18 мая 1942 году назначен чрезвычайным и полномочным послом СССР в Японии (вручение верительных грамот состоялось 8 июля 1942 года). Этот пост он занимал вплоть до разрыва советско-японских отношений и начала войны в августе 1945 года. 8 августа 1945 года СССР объявил войну Японии. В этот день вручил ноту об объявлении войны Японскому правительству. При бомбардировке Хиросимы находился на территории Японии.
24 января 1947 был назначен заместителем министра иностранных дел СССР В. М. Молотова. Через год работы в министерстве был делегирован как Постоянный представитель СССР при ООН, а также постоянный представитель СССР в Совете Безопасности ООН (с мая 1948 по октябрь 1952 года). Вернулся на работу в Совет Безопасности ООН в 1968 году.
После успешной работы в Европе в 1952 году был назначен первым заместителем министра иностранных дел. На этот раз он работает под руководством А. Я. Вышинского.
После смерти Сталина был назначен чрезвычайным и полномочным послом СССР в Великобритании. 3 июня 1953 года в беседе с новым советским послом в Лондоне Маликом Черчилль поделился своими впечатлениями о личных встречах со Сталиным. Пробыв на этой должности более 7 лет (с 1953 по 1960), возвращается в Москву на должность заместителя министра иностранных дел А. А. Громыко.
С 1968 по 1976 год — постоянный представитель СССР при ООН и в Совете Безопасности ООН. С ноября 1976 года на пенсии.
Яков Александрович Малик [Некролог] // Правда, 12 февраля 1980. — С. 4.
Ма́лик, Яков Александрович // Магнитка — Медуза. — М. : Советская энциклопедия, 1954. — С. 147. — (Большая советская энциклопедия : [в 51 т.] / гл. ред. Б. А. Введенский ; 1949—1958, т. 26).
Подробности
В бытность А. Я. Вышинского руководителем советского внешнеполитического ведомства ему поступил на подпись документ, имеющий визу его заместителя «Я. Малик». Вышинский наложил резолюцию «А. Я. Вышинский».